Analisis Spesifisitas dan Sensitivisitas Primer untuk Identifikasi Cryptococcus neoformans

Dwi Febriyana, Tati Febrianti, Sunarno Sunarno

Abstract


Cryptococcus neoformans merupakan jamur yang berbahaya penyebab kriptokokosis.  Infeksi yang terjadi pada manusia oleh jamur ini melalui inhalasi basidiospora atau sel khamir kering yang tersebar di lingkungan. Penentuan Cryptococcus neoformans dapat dilakukan  melalui metode molekuler. Metode molekuler yang berkembang melalui metode Polymerase Chain Reaction (PCR). Salah satu faktor penting dalam keberhasilan PCR adalah pemilihan primer yang memiliki spesifitas dan sensitivitas yang tinggi. Dalam penelitian ini kita akan menggunakan beberapa set primer yang didapat dari literatur review dan dianalisis menggunakan program perl primer Ver.1121 serta website https://www.ncbi.nlm.nih.gov/. Hasil analisis didapatkan primer dengan panjang berkisar antara 18-25, %GC lebih dari 50%, melting temperature (Tm) tidak lebih dari 700C, dan target isolat yang spesifik. Hasil analisis ini diharapkan dapat memberikan informasi primer yang memiliki spesifitas dan sensitivitas yang tinggi untuk identifikasi Cryptococcus neoformans.

Full Text:

PDF

References


Alarousy, R., Abo, H., Yazeed, E., Kotb, H., Abdalla, K., & Refai, M. (2011). Amplification of Capsule-associated Genes from Cryptococcus neoformans. New York Science Journal, 4(11), 1–5. http://www.sciencepub.net/newyork

Amirrajab, N., Haghani, I., Rasuli, M., & Shokohi, T. (2016). Migratory birds as a potential reservoirs of cryptococcus neoformans. International Journal of Environmental Research, 10(3), 459–464. https://doi.org/10.22059/ijer.2016.58765

Budiarto, B. R. (2015). Polymerase Chain Reaction (Pcr) : Perkembangan Dan Perannya Dalam Diagnostik Kesehatan. BioTrends, 6(2), 29–38.

Cidiane, G. M., & Fabiana, R.-S. (2016). Use of Polymerase chain Reaction for Cryptococcus neoformans Genome Detection in Cerebrospinal Fluid for Neurocryptococcosis Diagnosis. Medical Mycology: Open Access, 2(2), 1–7. https://doi.org/10.21767/2471-8521.100013

Dieffenbach, C. W., & Dveksler, G. S. (1995). PCR Primer: A Laboratory Manual.

Efrida, E., & Ekawati, D. (2012). Kriptokokal meningitis: Aspek klinis dan diagnosis laboratorium. Jurnal Kesehatan Andalas, 1(1), 39–44. https://doi.org/10.25077/jka.v1i1.7

Elsalam, K. A. A. (2003). Bioinformatic tools and guideline for PCR primer design. African Journal of Biotechnology, 2(5), 91–95.

Handoyo, D., & Rudiretna, A. (2001). Prinsip umum dan pelaksanaan Polymerase Chain Reaction (PCR). Unitas, 9(1), 17–29.

Leal, A. L., Faganello, J., Bassanesi, M. C., & Vainstein, M. H. (2008). Cryptococcus species identification by multiplex PCR. Medical Mycology, 46(4), 377–383. https://doi.org/10.1080/13693780701824429

Machrumnizar, Sjamsuridzal, W., & Wahyuningsih, R. (2016). Cryptococcus neoformans: Ekologi, Faktor Virulensi, Patogenesis dan Identifikasi. Majalah Kedokteran UKI, XXXII No.2.

Marshall, O. (2007). Graphical Design of Primers with PerlPrimer (Vol. 402, Issue 2). Springer, Method In Molecular Biology. https://doi.org/10.1007/978-1-59745-528-2_21

Marshall, O. J. (2004). PerlPrimer: Cross-platform, graphical primer design for standard, bisulphite and real-time PCR. Bioinformatics, 20(15), 2471–2472. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bth254

Martins, M. dos A., Brighente, K. B. S., de Matos, T. A., Vidal, J. E., de Hipólito, D. D. C., & Pereira-Chioccola, V. L. (2015). Molecular diagnosis of cryptococcal meningitis in cerebrospinal fluid: Comparison of primer sets for Cryptococcus neoformans and Cryptococcus gattii species complex. Brazilian Journal of Infectious Diseases, 19(1), 62–67. https://doi.org/10.1016/j.bjid.2014.09.004

Sasmito, D. E. K., Kurniawan, R., & Muhimmah, I. (2014). Karakteristik Primer pada Polymerase Chain Reaction(PCR) untuk Sekuensing DNA: Mini Review. Seminar Nasional Informatika Medis 2014, 93–102. http://snimed.fit.uii.ac.id/

Sunarno, & Novriani, H. (2016). Desain Primer PCR Secara Manual untuk Amplifikasi Gen dtx Bakteri Penyebab Difteri dengan Masalah Homologi Sekuens DNA. The Biomedical and Basic Health Tecnology, Health Research and Development Centre, Jakarta, 66(12), 2.

Wijaya, M. (2021). Meningitis Kriptokokus pada Penderita HIV. Cermin Dunia Kedokteran, 48(1), 8–11.

Ye, J., Coulouris, G., Zaretskaya, I., Cutcutache, I., Rozen, S., & Madden, T. L. (2012). Primer Blast: A tool to design target spesific primer for polymerase chain reaction. BMC Bioinformatics, 13(134).

Yustinadewi, P. D., Yustiantara, P. S., & Narayani, I. (2018). Mdr-1 Gene 1199 Variant Primer Design Techniques in Pediatric Patient Buffy Coat Samples With Lla. Metamorfosa: Journal of Biological Sciences, 5(1), 105. https://doi.org/10.24843/metamorfosa.2018.v05.i01.p16


Refbacks

  • There are currently no refbacks.


Faculty of Mathematics and Sciences
Universitas Indraprasta PGRI

Address: Jl. Raya Tengah No. 80, Kel. Gedong, Kec. Pasar Rebo, Jakarta Timur 13760 , Jakarta, Indonesia. 
Phone: +62 (021) 7818718 – 78835283 | Close in sunday and public holidays in Indonesia
Work Hours: 09.00 AM – 08.00 PM
Best hours to visit: From 9 am to 11 am or after 3 pm. The busiest times are between 11 am and 3 pm. 

Creative Commons License
Prosiding Seminar Nasional Sains 2020 is licensed under a Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License.